Şərqşünaslıq fakültəsi ölkədə fəaliyyət göstərən, dövlət və özəl müəssisələrlə geniş şəkildə əməkdaşlıq edir. Tədris prosesinin innovativ metodlar əsasında qurulması, elmi-tədqiqat fəaliyyətinin həyata keçirilməsi, eyni zamanda tələbələrin gələcəkdə işlə təmin edilməsi baxımından bu qurumlarla əməkdaşlıq oldquca əhəmiyyətlidir. Fakültə əməkdaşları eyni zamanda bu qurumların təşkil etdiyi müxtəlif tədbir və təlimlərdə iştirak edir. Fakültənin elmi və intellektual potensialı AMEA A.Bakıxanov adına Tarix İnstitutu, AMEA N.Gəncəvi adına Milli Azərbaycan Ədəbiyyatı Muzeyi, AMEA Arxeologiya və Etnoqrafiya İnstitutu, AMEA M.Füzuli adına Əlyazmalar İnstitutu, AMEA Nəsimi adına Dilçilik İnstitutu, Azərbaycan Dillər Universiteti, Diasporla İş üzrə Dövlət Komitəsi, Koreya Respublikasının Azərbaycandakı Səfirliyi, BDU nəzdində Bakı Kinq Seconq (Koreya) İnstitutu, BDU nəzdində Konfutsi İnstitutu, Dialoq və Əməkdaşlıq uğrunda İslam Konfransı Gənclər Forumunun Avrasiya üzrə Regional Mərkəzi, Yunis Əmrə İnstitutu, Bakı şəhərində fəaliyyət göstərən orta ümumtəhsil müəssisələri ilə sıx əməkdaşlıq etməyə imkan verir. Göstərilən təşkilat və müəssisələr fakültədə təhsil alan tələbələrin elmi və təhsil təcrübələrinin təşkilində, əməkdaşların ixtisas artırılmasında fəal iştirak edirlər. Aparılan elmi əməkdaşlığın nəticəsi olaraq fakültənin aparıcı mütəxəsisləri Azərbaycan Respublikasının Prezidenti yanında Elmin İnkişafı Fondu və AMEA-nın maliyyələşdirdiyi qrant müsabiqələrində birgə iştirak edirlər.
