1955-ci il avqustun 12-də Kürdəmir şəhərində anadan olmuşdur. 1971-ci ildə burada 2 saylı şəhər orta məktəbini bitirmişdir. 1971–1976-cı illərdə Azərbaycan Dövlət Universitetinin şərqşünaslıq fakültəsində fars fılologiyası ixtisası üzrə təhsil almışdır. Əmək fəaliyyətinə 1976-cı ildə təyinatla göndərildiyi Azərbaycan Elmlər Akademiyası Fəlsəfə və Hüquq İnstitutunun fəlsəfə tarixi şöbəsində başlamışdır, 1978-ci ilədək burada çalışmışdır.O, 1978–1982-ci illərdə Azərbaycan Elmlər Akademiyasının Şərqşünaslıq İnstitutunun İran filologiyası şöbəsində kiçik elmi işçi, 1982–1988-ci illərdə isə həmin institutun Orta əsrlər şərq yazılı mənbələrinin tədqiqi və nəşri şöbəsində baş elmi işçi vəzifəsində çalışmışdır. 1980-ci ildə namizədlik dissertasiyası müdafiə etmişdir. Nizami adına Ədəbiyyat muzeyində şöbə müdiri işləmişdir. Hazırda muzeyin direktorudur.
Rafael Hüseynov 1987–1989-cu illərdə Azərbaycan Dövlət Universitetində, 1990–1991-ci illərdə Konservatoriyada "Mədəniyyət tarixi", 1995-cınildə isə "Xəzər" Universitetində "Azərbaycan ədəbiyyatı" və "Azərbaycan mədəniyyəti" fənlərindən dərs demişdir. O, 1995–1998-ci illərdə Xəzər Universitetində "Azərbaycan filologiyası və şərqşünaslıq" kafedrasının müdiri vəzifəsində çalışmışdır. Rafael Hüseynov ədəbi fəaliyyətə 1975-ci ildə Kürdəmir rayonunda çıxan "İrəli" qəzeti səhifələrində dərc olunan şeirləri ilə başlamışdır. Dövri mətbuatda vaxtaşırı çıxış etmişdir. Azərbaycan xalq musiqisi və onun görkəmli ifaçıları haqqında hazırladığı "Nəğməli ömürlər" və "Axşam görüşləri" adlı həftəlik verilişlər silsiləsi efirdə səslənmişdir.
"Qobustan" incəsənət toplusunda "Görməyən gözlərin aydınlığı", "Əsas odur ki, xalq sizi sevir", "Həsrət qatarı" və s. publisistik yazıları çap olunmuşdur.
1992-ci ildə "Baba Tahir Üryan və onun poetik irsi" mövzusunda doktorluq dissertasiyası müdafiə etmişdir. Məhsəti Gəncəvinin rübailərini, Rəsul Rza və Nigar Rəfibəyli haqqında "İki ömrün işığı" (1987) adlı xatirələr kitabını tərtib etmişdir.