Azərbaycan tarixinin kompleks şəkildə araşdırılmasına və tarixi tədqiqatların məqsədyönlü surətdə təşkilatlandırılması işinə 1923-cü ildə Azərbaycanı Tədqiq və Tətəbbö Cəmiyyətinin yaradılması ilə başlanılmışdır. Bununla, əslində, Azərbaycan tarixi problemlərinin elmi surətdə araşdırılması və ümumiləşdirilməsi işini həyata keçirə biləcək akademik elmi tədqiqat institutunun – bu günkü Abbasqulu Ağa Bakıxanov adına Tarix İnstitutunun özülü qoyulmuşdur. Elmi tədqiqat işlərinin xeyli genişlənməsi nəticəsində 1929-cu ildə həmin cəmiyyətin bazasında yaradılan Azərbaycan Dövlət Elmi Tədqiqat İnstitutunun tərkibində Tarix və Etnoqrafiya şöbəsi yaradılmışdır. 1932-ci ildə həmin İnstitut SSRİ Elmlər Akademiyası Zaqafqaziya Filialının Azərbaycan Sektorunun tərkibinə daxil edilmişdir. 1935-cı ildə bu sektorun bazasında SSRİ Elmlər Akademiyasının Azərbaycan Filialı nəzdində müstəqil Tarix, Arxeologiya və Etnoqrafiya İnstitutu yaradılması barədə qərar qəbul olunmuşdur. İnstitut 1936-cı ildən fəaliyyətə başlamışdır. SSRİ Elmlər Akademiyası Azərbaycan Filialı tərkibində Tarix İnstitutu ayrıca bir elmi tədqiqat müəssisəsi kimi 1940-cı ildən fəaliyyətə başlamışdır. 1945-ci ildə Azərbaycan SSR EA təşkil olunarkən Tarix İnstitutu müstəqil elmi müəssisə kimi onun tərkibinə daxil edilmişdir. Sonradan 1951-ci ildə Tarix İnstitutu Azərbaycan SSR Elmlər Akademiyası Tarix və Fəlsəfə İnstitutuna çevrilmiş və 1956-cı ildə Azərbaycan EA Rəyasət Heyəti yanında Fəlsəfə sektoru yaradıldıqdan sonra yenidən əvvəlki adı ilə müstəqil institut kimi fəaliyyət göstərməyə başlamışdır. 1974-cü ildə Tarix İnstitutunun müvafiq şöbələri əsasında institutun nəzdində Arxeologiya və Etnoqrafiya Sektoru yaradılmış, 1993-cü ildən isə həmin Sektor Azərbaycan EA tərkibində müstəqil Arxeologiya və Etnoqrafiya İnstitutuna çevrilmişdir.
2004-cü il sentyabr ayının 13-dən etibarən AMEA A.A.Bakıxanov adına Tarix İnstitutunun direktoru AMEA-nın həqiqi üzvü, Azərbaycan Respublikası Milli Məclisinin deputatı Yaqub Mikayıl oğlu Mahmudovdur.