Respublikamızda Əlyazmaların toplanmasına hələ XX əsrin əvvəllərində başlanmışdır.Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyası Məhəmməd Füzuli adına Əlyazmalar İnstitutu orta əsrlər Şərq yazılı abidlərinin toplanması, sistemləşdirilməsi, mühafizəsi və nəşri üzrə vahid bir mərkəz kimi 1950-ci ildə Nizami adına Ədəbiyyat İnstitutunun əlyazmalar şöbəsinin əsasında yaradılmışdır. 1986-cı ildə fondun bazasında Əlyazmalar İnstitutu təsis edilmişdir. 13 sentyabr 1996-cı ildə instituta Məhəmməd Füzulinin adı verilmişdir. Əlyazmalar İnstitutu orta əsr elmlərinin bütün sahələrini tibb və astronomiya, riyaziyyat və mineralogiya, poetika və fəlsəfə, teologiya və hüquqşünaslıq, qrammatika, tarix və coğrafiya, bədii nəsr və poeziyasını əhatə edən Azərbaycan, türk, ərəb, fars və başqa dillərdə zəngin və nadir əlyazma kolleksiyasına malikdir. İndi Əlyazmalar İnstitutunda 40 mindən artıq material vardır. Bunlardan 12 minə qədəri ərəb qrafikalı əlyazmalardır ki, IX-XX əsrlərdə yazılmış və ya üzü köçürülmüşdür. Bundan başqa, institutda XIX-XX əsrlərdə yaşamış Azərbaycanın görkəmli elm və ədəbiyyat xadimlərinin şəxsi sənədləri, tarixi sənədlər və fraqmentlər, əski çap kitabları, əvvəlki dövrlərin qəzet və jurnalları, mikrofilm və fotosurətlər mühafizə edilməkdədir.
Əlyazmalar İnstitutunda saxlanan ən qədim əlyazma IX əsrə aid edilən dəri üzərində yazılmış Quranın "Ən-Nisa" surəsinin bir hissəsidir.
Əbu Əli ibn Sinanın "Tibb qanunları", Əbdül-Qasim əz-Zəhravinin "Cərrahiyyə və cərrahi alətlər haqqında" və "Otuzuncu traktat", Rüstəm Cürcaninin "Nizamşahın azuqələri", Şeyx Mahmud Şəbüstərinin "Gülşəni-raz", Nəsiminin "Divan", Sədinin "Bustan" və s. bu kimi əsərlərin XII-XV əsrlərdə köçürülmüş nüsxələri Əlyazmalar İnstitutunda saxlanılan ən qədim əlyazmalardır. 2005-ci ildə YUNESKO-nun "Dünya yaddaşı" proqramının reyestrinə daxil edilən bu əlyazmalardan bir neçəsi unikallığı ilə seçilir.
Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyası Məhəmməd Füzuli adına Əlyazmalar İnstitutu Böyük Britaniyanın Kembric Universitetinin nəzdində yaradılmış Beynəlxalq İslam Əlyazmaları Assosiasiyasının (TİMA) üzvüdür. İstiqlaliyyət küçəsində yerləşən Azərbaycan Əlyazmalar İnstitutunun binası dünyada ilk dəfə olaraq müsəlman qızlar üçün tikilmiş lisey idi, onun tikintisinin üç görkəmli şəxsiyyətin adı ilə bağlıdır.Onlardan birincisi Bakı neft milyonçusu və şəhərin ən böyük xeyriyyəçisi Hacı Zeynalabdin Tağıyev (1823-1924) olmuşdur. O, binanın tikilməsi üçün Rus imperatoruna müraciət etmiş razılıq aldıqdan sonra onun xərclərini maliyyələşdirmişdir. Bu məktəbin binasının yerinin müəyyən edilməsinə və tikilməsinə 4 il vaxt sərf olunmuşdur.İkinci şəxs isə Azərbaycanın ilk maarifçi ziyalısı və jurnalisti Həsən bəy Zərdabi idi (1837-1907). O hələ lisey açılmazdan çox əvvəl qızlar və oğlanlar üçün dünyəvi təhsilin təbliğatçılarından biri olmuşdur.Üçüncü şəxs gənc polyak mühəndis İosif Vikentiyevic Qoslavski(1865-1904) idi. O, çox istedadlı şəxs idi və o Bakının baş memarı təyin ediləndə cəmi 27 yaşı var idi. O, H.Z.Tağıyevin tikdirdiyi bütün binaların layihəçisi və mühəndisi olmuşdur.Hacı Zeynalabdin Tağıyev məktəbin binasının layihələşdirilməsi və tikilməsini də Qoslavskiyə həvalə edir. Qoslavski qızlar üçün məktəb binasının layihəsini 1896-cı ildə başa çatdırır. Müsəlman qızlar məktəbi İsmailiyyə Binasının yanında tikilir. Binanın quruluşu at nalı şəklindədir və içəri həyətinin cənub hissəsi qala divarlarına söykənir.Tikintiyə 1898-ci ildə başlanmış 1901-ci ildə başa çatdırılmışdır .1918-ci ildə Azərbaycan öz müstəqilliyini elan edəndən sonra Milli hökümətin parlamentinin ilk iclası bu binada açılmış, onun sədri Məhəmməd Əmin Rəsulzadə ilk iclasda geniş çıxış etmişdir.1920-ci il 28 aprelədək, islam şərqinin ilk parlamenti fəaliyyətinə son qoyulanadək işlədi.Daha sonralar Azərbaycan SSR Ali Soveti bu binada yerləşmişdir.Əlyazmalar fondu orta əsrlər Şərq yazılı abidələrinin toplanması mühafizəsi və nəşri üzrə vahid bir mərkəz idi.