Şərqşünaslıq fakültəsi 1922-ci ilə qədər Universitetin Tarix-filologiya fakültəsində Şərq şöbəsi kimi fəaliyyət göstərmişdir. 1922-ci il iyulun 13-də respublika hökuməti Universitetin Tarix-filologiya fakültəsi Şərq şöbəsinin müstəqil Şərq fakültəsinə çevrilməsi haqqında müvafiq qərar qəbul etdi, fakültənin təşkili və kitabxananın təchizatı üçün vəsait ayrıldı. Fakültənin yaradılmasında məqsəd tədqiqatçı şərqşünasların elmi məktəbini yaratmaq, türk və İran xalqlarının tarixi, dili və ədəbiyyatı üzrə mütəxəssislər hazırlamaq idi. İlk dekan professor P.K.Juze olmuşdur.
Rusiyada Panteleymon Krestoviç Juze kimi tanınan Bəndəli ibn Saliba əl-Cauzi (1871-1942) əslən fələstinli ərəb idi. O, təhsil almaq üçün Kazan şəhərinə gəlmiş və universiteti bitirdikdən sonra orada fəaliyyətə pedaqoji başlamış və 1920-ci ildə professor kimi Bakı Universitetinə dəvət olunmuşdur. 1924-cü ildə prof.B.V.Çobanzadə, 1926-cı ildə isə prof.A.S.Qubaydulin fakültənin dekanı təyin edilmişlər.
20-ci illərdə Şərqşünaslıq fakültəsində görkəmli alimlər – akademiklər: N.Y.Marr, İ.İ.Meşşaninov, V.V.Bartold, A.N.Samoyloviç, professorlar: İ.N.Aşmarin, A.A.Romaskeviç, R.Şor, B.V.Çobanzadə, A.S.Qubaydulin, və başqaları böyük elmi-pedaqoji iş aparmışlar.
1930-cu ildə universitetin bazası əsasında 5 institut açıldığına görə o, bağlanmış, yalnız 1934-cü ildə yenidən təşkil edilmişdir. 1944-cü ildə isə Azərbaycan SSR Xalq Komissarları Sovetinin və KP (b) MK-nın qərarı ilə Filologiya fakültəsinin nəzdində iranşünaslıq və türkologiya ixtisasları üzrə şərqşünaslıq şöbəsi yaradılmışdır.
1946-cı ildə müstəqil Şərqşünaslıq fakültəsi bərpa olunmuş, lakin 1950-ci ildə bir daha şöbə kimi Filologiya fakültəsinə verilmişdir. Nəhayət, sonuncu dəfə 1957-ci ildə ərəb, fars və türk şöbələri olmaqla Şərqşünaslıq fakültəsi açılmış, tələbələrin sayının azlığını nəzərə alaraq, 1962-ci ilə qədər kitabxanaçılıq şöbəsi də onun tərkibinə daxil edilmişdir.
1957-ci ildə həmçinin Ərəb dili, fars və türk dillərini əhatə edən Yaxın Şərq dilləri və ərəb, fars, türk ədəbiyyatları tədris olunan Yaxın Şərq xalqları ədəbiyyatı tarixi kafedraları yaradılmışdır.
Ərəb dili kafedrasının müdiri vəzifəsini prof. Ələsgər Məmmədov (1957-1989) və dos. İsmayıl Şəms (1989-1991) tutmuşlar. 1989-cu ilədək Yaxın Şərq dilləri kafedrasının müdiri prof. Rəhim Sultanov, sonra isə prof. Həsən Mahmudov olmuşlar. 1990-cı ildə bu kafedra Fars dili (1991-ci ilədək müdir prof. Həsən Mahmudov) və Türk dili (1991-ci ilədək müdir f.e.n. Rüfət Rüstəmov) kafedralarına ayrılmışdır.
Müxtəlif illərdə Yaxın Şərq xalqları ədəbiyyatı tarixi kafedrasına prof. Mübariz Əlizadə (1957-1965, 1970-1989), akad. Həmid Araslı (1965-1967), dos. Yusif Şirvan (1967-1970) və prof. Malik Mahmudov (1989-1991) rəhbərlik etmişlər.
Prof. Rəhim Sultanov (1957-1960), dos.Yusif Şirvan (1960-1961), prof. Ələsgər Məmmədov (1961-1962), prof. Mübariz Əlizadə (1962-1964), prof. Həsən Mahmudov (1964-1977), prof. Şulan Şirəliyev (1977-1981), akad. Vasim Məmmədəliyev (1981-1991), dos. Elxan Əzizov (1991-1999), dos. Əbdüləli Kərimov (1999-2002), dos.Elxan Əzizov (2002-2021) dekanı vəzifəsində işləmişlər. 2022-ci ildən dos. Aydan Xəndan fakültənin dekanı vəzifəsində çalışır. Şərqşünaslıq fakültəsində tədrisin yüksək səviyyədə aparılmasında, vətənimiz üçün şərqşünas kadrların yetişdirilməsində, ərəbşünaslıq, iranşünaslıq və türkologiya sahəsində elmi nailiyyətlər əldə edilməsində akad. Həmid Araslı, professorlar Ələsgər Məmmədov, Rəhim Sultanov, Aida İmanquliyeva, Mübariz Əlizadə, Əhməd Şəfai, Neyyerzaman Hatəmi, Həsən Mahmudov, Malik Mahmudov, Aida İmanquliyeva, Mirzə Rəhimov, Aniyə Ələkbərova, Aslan Eyvazov, Şulan Şirəliyev, dosentlər Əli Azəri, Həsən Əlizadə, Yusif Şirvan, Yusif Ziya Şirvani, Təhmurəs Cahani, Ağadadaş Dadaşov, Əbdüləli Kərimov, Fəxrəntac Zülfüqarova, İsmayıl Şəms, Tofiq Cahangirov və başqaları əvəzsiz xidmətlər göstərmişlər. Azərbaycanda samişünaslıq və islamşünaslığın inkişafında akad.Vasim Məmmədəliyev böyük rol oynamışdır.
1957-ci ildən fəaliyyət göstərən ərəb, fars, türk şöbələri ilə yanaşı, 1993-cü ildə fakültədə ibri (yəhudi), 2000-ci ildə yapon, 2001-ci ildə urdu, 2003-cü ildə Çin, 2007-ci ildə Koreya dili şöbələri açılmışdır.
Məşhur şərqşünaslardan akademiklər Ə.Sumbatzadə, V.Məmmədəliyev, N.Vəlixanlı, AMEA-nın müxbir üzvləri M.Nemətova, B.Hüseynov, Z.Məmmədov, Ə.Səfərli, professorlar A.İmanquliyeva, C.Qəhrəmanov, M.Mahmudov, H.Mahmudov və başqaları, İran, Küveyt, Misir, BƏR, Qətər, Səudiyyə Ərəbistanı, Suriya, Mərakeş, Yaponiya, Koreya, ABŞ, Moldova və Latviyada Azərbaycan Respublikasının səfirləri, BMT-də ölkəmizin nümayəndəsi, tanınmış ədib və şairlər C.Cabbarlı, Ə.Cəfərzadə, C.Əlibəyli, Ə.Hacızadə, A.Zeynallı fakültənin məzunlarıdırlar
Şərqşünaslıq fakültəsində türk və fars şöbələri ilə yanaşı 1957-ciil də ərəb, 1993-cü ildə ibri, 2000-ci ildə yapon, 2001-ci ildə urdu, 2002-ci ildə çin və 2007-ci ildə koreya şöbələri də açılmışdır.
Fakültədə 4 kafedra, linqafon kabinəsi, ərəb, fars, türk, ibri, urdu, yapon, çin və koreya dilləri üzrə müasir mebel, kompüter, televizor, peykantennaları, videomaqnitafon və digər texniki vasitələrlə təchiz edilmiş xüsusi otaqlar, zəngin fondu olan kitabxana vardır. Hal-hazırda fakültədə 87 müəllim, o cümlədən, 14 elmlər doktoru, professor, 29 elmlər namizədi, dosent, 13 nəfər baş laborant və laborant fəaliyyət göstərir.
Fakültədə Azərbaycan və rus bölmələrində olmaqla təhsil forması bakalavr pilləsində əyani, magistraturada isə əyani və qiyabidir. Bakalavr pilləsində 883 tələbə, magistraturada 18 magistrant təhsil alır. Eyni zamanda fəlsəfə doktoru proqramı üzrə 3 nəfər, elmlər doktoru proqramı üzrə isə 1 nəfər tədqiqat işi aparır.